Centrale Lyon ENISE fait partie des établissements co-accrédités au sein de l’école doctorale de site "Sciences Ingénierie Santé" (ED SIS 488). Ils deviennent, à l’issue de leur soutenance, docteur de Centrale Lyon
L’école doctorale de site "Sciences Ingénierie Santé" (ED SIS 488), est une école doctorale pluridisciplinaire couvrant les domaines :
- Sciences Pour l’Ingénieur ;
- Sciences et Technologies de l’Information et de la Communication ;
- Sciences de la Santé.
Doctorat Centrale Lyon
Au sein de cette école doctorale, Centrale Lyon ENISE délivre le doctorat de Centrale Lyon. Centrale Lyon ENISE participe à sa gouvernance et à son animation aux cotés de l'Université Jean Monnet et de l’École des Mines de Saint-Étienne. Les enseignants-chercheurs de Centrale Lyon ENISE dirigent actuellement environ 50 thèses en 2019 (dont environ 30 inscrits à l’EDSIS).